医生通过以下方法治疗艰难拟梭菌感染：

停止导致问题的抗生素

给予口服抗生素，对抗艰难拟梭菌

不应服用减缓或停止腹泻的药物。这可使肠道中的艰难拟梭菌毒素保持在肠道内，并可能使病情恶化。

五分之一的人症状会复发，有时多次反复出现。为了帮助防止症状复发，可能会：

长期使用抗生素

益生菌（可帮助恢复肠道细菌平衡的药丸）

大便移植（将某人的健康大便放入肠道以平衡细菌）

如果症状非常糟糕，可能需要住院，医生会给予：

抗生素

静脉输液

电解质

输血

很少情况下，医生做手术去除非常严重感染的肠管。